Τους αγρότες βάζει τώρα στο φορολογικό της στόχαστρο η κυβέρνηση. Στο υπουργείο Οικονομικών επεξεργάζονται σχέδιο για τη έναρξη της φορολόγησης όλων ανεξαιρέτως των αγροτών με βιβλία, προκειμένου να αυξηθούν τα φορολογικά έσοδα τα προσεχή χρόνια και να επιτευχθούν οι στόχοι του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου.
Σήμερα οι περισσότεροι αγρότες φορολογούνται με το λεγόμενο «αντικειμενικό» σύστημα. Κάθε χρόνο το υπουργείο Οικονομικών, σε συνεργασία με το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, ανακοινώνει πίνακα αντικειμενικών τιμών και αποδόσεων ανά στρέμμα καλλιεργούμενης γης και κατά είδος καλλιέργειας. Επίσης, στους κατά κύριο επάγγελμα αγρότες προσφέρεται και ένα επιπλέον αφορολόγητο ποσό 1.500 ευρώ, που αφορά αποκλειστικά το εισόδημα από αγροτικές καλλιέργειες. Το αφορολόγητο ποσό αυξάνεται στα 3.000 ευρώ, εφόσον ο φορολογούμενος λαμβάνει αποζημιώσεις για τις καλλιέργειές του. Με βάση αυτά τα ποσά γίνεται ο υπολογισμός του ετήσιου εισοδήματος των αγροτών, οι οποίοι δεν τηρούν βιβλία. Μάλιστα, η συντριπτική πλειονότητα των αγροτών φορολογείται με αυτόν τον τρόπο και είναι χαρακτηριστικό ότι οι αγρότες που πληρώνουν φόρο είναι ελάχιστοι, καθώς οι περισσότεροι είναι αφορολόγητοι.
Ωστόσο, όπως υποστηρίζουν στο υπουργείο Οικονομικών, η πραγματικότητα των εισοδημάτων των αγροτών είναι πολύ διαφορετική. Σημειώνουν ότι έχουν στη διάθεσή τους στοιχεία που δείχνουν ότι τα πραγματικά εισοδήματα των αγροτών απέχουν σημαντικά από αυτά που προκύπτουν με βάση το αντικειμενικό σύστημα, με συνέπεια την απώλεια σημαντικών φορολογικών εσόδων για τον Προϋπολογισμό.
Οι ίδιες πηγές στο υπουργείο Οικονομικών σημειώνουν ότι έχει ξεκινήσει συνεργασία με το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης με θέμα την αλλαγή του τρόπου φορολόγησης των αγροτών. Στο πλαίσιο αυτό, το υπουργείο Οικονομικών έχει λάβει στοιχεία από το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης που αφορούν τις επιδοτήσεις των αγροτών. Οι επιδοτήσεις αυτές, όπως λένε στο υπουργείο, αποτελούν έναν δείκτη του πραγματικού εισοδήματος των αγροτών.
Με βάση τον σχεδιασμό του επιτελείου του υπουργείου Οικονομικών, όλοι οι κατά κύριο επάγγελμα αγρότες θα κληθούν να θεωρήσουν βιβλία εσόδων και εξόδων και θα φορολογούνται λογιστικά (έσοδα μείον έξοδα) και όχι με βάση το αντικειμενικό σύστημα που ισχύει σήμερα.
Σημειώνεται ότι το αντικειμενικό σύστημα μελετάται να διατηρηθεί μόνο για τους κατά περίσταση αγρότες, όπως είναι οι ελαιοπαραγωγοί ή οι αγρότες που ασκούν και άλλο επάγγελμα (π.χ. είναι μισθωτοί).